Quy định kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử

Ngày 30/6/2026 Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, một trong những điểm mới đáng chú ý của Thông tư là lần đầu tiên quy định kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử.

Việc triển khai kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử mang lại nhiều lợi ích cho người nộp thuế. Trước hết, người nộp thuế có thể cung cấp hồ sơ, tài liệu, giải trình và trao đổi thông tin với cơ quan thuế hoàn toàn trên môi trường điện tử, giảm đáng kể thời gian đi lại, chi phí chuẩn bị hồ sơ và hạn chế gián đoạn hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Thông qua cổng giao tiếp điện tử, người nộp thuế có thể theo dõi quá trình xử lý hồ sơ, chủ động tiếp cận các thông tin liên quan đến cuộc kiểm tra, qua đó nâng cao tính minh bạch và khả năng phối hợp với cơ quan thuế trong suốt quá trình thực hiện.

Đặc biệt, việc giảm tiếp xúc trực tiếp giữa công chức thuế và người nộp thuế góp phần hạn chế nguy cơ phát sinh phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực; đồng thời nâng cao tính công khai, khách quan trong hoạt động kiểm tra.

Để việc kiểm tra bằng phương thức điện tử được thực hiện thuận lợi, người nộp thuế cần chủ động duy trì hiệu lực của chứng thư số, chữ ký số của tổ chức và người đại diện theo pháp luật. Đồng thời, tổ chức lưu trữ chứng từ, hóa đơn, sổ sách kế toán và các tài liệu liên quan dưới dạng điện tử một cách có hệ thống, bảo đảm khả năng tra cứu, trích xuất và cung cấp khi cơ quan thuế yêu cầu.

Về quy trình, việc kiểm tra được thực hiện thông qua cổng giao tiếp điện tử, trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý thuế và dữ liệu điện tử do người nộp thuế cung cấp.

Toàn bộ quá trình trao đổi, giải trình, thu thập thông tin, tài liệu; lập biên bản; ban hành thông báo, kết luận và quyết định xử lý đều được thực hiện bằng phương thức điện tử. Hồ sơ, tài liệu sử dụng trong quá trình kiểm tra được ký số theo quy định của pháp luật.

Các văn bản, dữ liệu điện tử được lưu trữ trong hồ sơ điện tử của cuộc kiểm tra. Sau khi kết thúc kiểm tra, cổng giao tiếp điện tử được đóng theo quy định, bảo đảm toàn bộ quá trình xử lý được ghi nhận đầy đủ, minh bạch, có thể tra cứu, đối chiếu và kiểm chứng khi cần thiết.

Đối với những trường hợp dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận hoặc cần xác minh thực tế, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế theo quy định. Điều này khẳng định việc kiểm tra trực tiếp chỉ được thực hiện khi thực sự cần thiết, bảo đảm vừa chặt chẽ trong quản lý vừa tạo thuận lợi tối đa cho người nộp thuế.

Việc số hóa toàn bộ quy trình kiểm tra giúp nâng cao hiệu quả quản lý, tăng cường khả năng giám sát hoạt động của các đoàn kiểm tra, bảo đảm tính minh bạch, trách nhiệm và kỷ luật trong thực thi công vụ.

Dữ liệu điện tử được chuẩn hóa, lưu trữ tập trung cũng tạo điều kiện để ngành Thuế đẩy mạnh quản lý rủi ro dựa trên phân tích dữ liệu, ứng dụng trí tuệ nhân tạo và các công nghệ số trong lựa chọn đối tượng kiểm tra, cảnh báo sớm các dấu hiệu vi phạm, qua đó tập trung nguồn lực vào các trường hợp có rủi ro cao, vi phạm pháp luật. Việc đưa kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử thể hiện quyết tâm của ngành Thuế là lấy người nộp thuế làm trung tâm phục vụ.